Assassin's Creed Shadows pozwala graczom wybierać między dwoma bohaterami: Naoe, shinobi i Yasuke, historycznym afrykańskim samurajskim. Ten wybór wywołał dyskusję wśród fanów zainteresowanych potencjalnie brakującymi treścią, koncentrując się na jednej postaci.
Dyrektor kreatywny Jonathan Dumont zapewnia graczy, że priorytety jednego bohatera nie doprowadzi do znaczącej pominięcia treści. Podczas gdy każda postać może pochwalić się unikalnymi sekwencjami otwierającymi i osobistymi łukami, narracja gry dostosowuje się do wyboru gracza. Sam Dumont gra w grę, zmieniając się między postaciami, spędzając około 3-5 godzin z jedną, zanim przejdzie na drugą na 2-3 godziny. Zachęca graczy do przestrzegania swoich preferencji, stwierdzając: „Nie wierzę, że bardzo tęsknisz. Każdy bohater ma swoje unikalne wprowadzenie i dedykowane linie, ale podstawowe doświadczenie jest elastyczne.
