Assassins Creed Shadows können die Spieler zwischen zwei Protagonisten wählen: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai. Diese Wahl hat unter Fans, die besorgt über potenziell fehlende Inhalte durch die Konzentration auf einen einzelnen Charakter, zu Diskussionen geführt werden.
Der Kreativdirektor Jonathan Dumont versichert den Spielern, dass die Priorisierung eines Protagonisten nicht zu erheblichen verpassten Inhalten führt. Während jeder Charakter einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsbahnen aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Dumont selbst spielt das Spiel, indem er zwischen Charakteren wechselt und ungefähr 3-5 Stunden mit einem verbringt, bevor er 2-3 Stunden zum anderen wechselt. Er ermutigt die Spieler, ihren Vorlieben zu folgen und zu verfolgen: "Ich glaube nicht, dass Sie viel verpassen werden. Es kommt wirklich auf Ihren persönlichen Spielstil an. Sie denken vielleicht: 'Okay, ich werde sehen, wie sich das Spiel anhand welcher Figur ich auswähle.' Jeder Held hat seine eigenen einzigartigen Einführungen und dedizierten Questlinien, aber die Kernerfahrung ist flexibel.
